根据科技部的相关文件，特别是《农业科技园区指南》、《农业科技园区管理办法（试行）》以及《关于加强“国家农业科技园区”工作的补充通知》，新疆昌吉国家农业科技园区的发展规划按照国家农业结构调整战略进行，注重地方特色，遵循"适度超前、循序渐进、持续发展"的原则，以及"内容建设高标准、形象建设精品化"的要求。
园区发展总体规划由中国农业大学编制，已通过专家的初步论证。目前，园区正在进行细化规划，包括核心区和示范区的土地利用、基本建设、林业、水资源利用以及农场庄园等规划。
核心区规划总面积为3.6万亩，初期主要围绕西域集团及其周边原昌吉市六工部分村组的土地，以及新疆农业职业技术学院区域。规划设有七大功能区：研发信息培训区、良种繁育区、特色作物区、绿色无公害蔬菜区、观光旅游农业区、综合创业区和农科贸市场区，将推动科技创新与产业融合。
示范区前期规划则以原昌吉市老龙河和牛圈子湖地区开发和未开发的国有土地为主，总面积达到46.2万亩。示范区的主导产业包括新疆特色产业的制种、棉花、绿色无公害农产品、畜牧、农产品加工以及特色旅游等，旨在带动相关产业的协同发展。
昌吉国家农业科技园区于2002年经国家科技部批准成立，是全国38家农业科技园区之一，也是新疆地方唯一的国家级农业科技园区。根据国家科技部和区、州党委、人民政府的有关要求，园区的主要功能和任务是：发挥农业科技园区农业科技示范与辐射功能、现代农业科技的孵化功能和新型农业科技人才的培训功能，加强农业技术的组装集成和科技成果转化，促进传统农业的改造与升级，为加快昌吉州乃至新疆现代农业的发展起到积极的示范、带动作用。