我们把南方有蹄类分为五个亚目（现在怎么分，是否有改变尚不清楚） 古南方有蹄类（notioprogonia）
为早期原始类型的南方有蹄类，除了北美洲的土柱兽（arctostylopus）和亚洲出土的古柱兽（palaeostylopus），其他成员都只限存在于南美洲。到了中期，基本就都已经宣告灭绝。 重蹄类（entylonychia）
属于中等大小的南方有蹄类，牙齿有自己独特的一面，部分成员依然拥有相当锐利的犬齿。四肢中等长度，头大小适中，根据骨骼来看，行动不是很迅速，和北半球的钝脚类趋同进化，在始新世就出现了许多成员，并且在中新世掀起了自己类群的一个小小的发展高潮但随后就出现了衰落的势头。 箭齿兽类（toxodontia)
是属于大型的南方有蹄类，一般大小在1.8—3米左右，是最大而且很特殊的一个分支，渐新世开始陆续出现，在中新世达到了鼎盛时期，部分成员生活习性接近犀牛。而另一部分则走的道路和河马很类似。 黑格兽类(hegetotheria)
相当成功的一类走小型化的南方有蹄类，和兔类、啮齿类趋同进化，从出现起一直到最后的灭亡期间，黑格兽类都是相当活跃的一类，个体大小一般接近鼠、兔大小。 印齿类(typotheria)
也是一类在进化、生存方面接近啮齿类的南方有蹄类，犬齿和前臼齿彻底退化，不留痕迹一些成员却又出现类似早期踝节类的样子，没有太繁荣过。是所有南方有蹄类里最容易被忽略的一个类群体。 下面要提到一类很特殊的生物，轮齿兽类，主要在渐新世、中新世生存。以前被归入南方有蹄类，后来被当作北方有蹄类的一个分支，但后来随着深入的研究和多种类的骨骼化石对比，发现这类生物自己的独特特征已经大到足可以完全独立出来，随后自成一目：轮齿兽目，这目生物。体型变化相当大，也很特殊化。
上门齿完全退化，上颌骨收缩，形成“短面”，前臼齿退化，后臼齿特大，下颌前伸，根据鼻骨的位置，也可能拥有一个类似貘的鼻子。
