根据上述职责，省卫生和计划生育委员会设24个内设机构：
(一)办公室。
负责文电、会务、机要、档案、督查等机关日常工作，承担重大问题调研、重要文稿起草、政务公开、政务信息、目标绩效管理、安全保密和信访、建议提案办理、社会治安综合治理等工作。
(二)规划与信息处。
拟订全省卫生和计划生育事业中长期发展规划;统筹规划全省卫生和计划生育服务资源配置工作，承担区域卫生和计划生育规划的编制和实施，指导卫生和计划生育公共服务体系建设;拟订大型医用装备配置管理办法和标准并组织实施;承担卫生和计划生育的信息化建设和统计工作，参与全省人口基础信息库建设工作。
(三)法制处。
组织拟订卫生和计划生育、中医药事业发展地方性法规、规章草案;拟订卫生和计划生育地方性标准;承担机关规范性文件合法性审核工作;承担行政复议、行政应诉等工作;指导卫生和计划生育系统落实执法责任制;统筹推进卫生和计划生育委员会行政审批事项管理工作。
(四)体制改革处(省深化医药卫生体制改革领导小组办公室)。
承办省深化医药卫生体制改革领导小组及其办公室的具体工作，研究提出深化医药卫生体制改革重大方针、政策、措施的建议，督促落实领导小组会议议定事项;承担组织推进公立医院改革工作。
(五)卫生应急办公室(突发公共卫生事件应急指挥中心)。
拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施;组织协调与指导各地突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动;组织实施对突发急性传染病防控和应急措施;对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援;发布突发公共卫生事件应急处置信息;负责重大活动医疗保障协调。
(六)疾病预防控制处(省爱国卫生运动委员会办公室)。
拟订重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施;完善疾病防控体系，防止和控制疾病发生和疫情蔓延;承担发布法定报告传染病疫情信息工作;承办省爱国卫生运动委员会的具体工作。
(七)医政医管处。
拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量、医疗服务、医疗安全、采供血机构管理和医务人员执业标准等有关政策、规范、标准并组织实施;拟订公立医院绩效评价和考核制度，承担建立医疗机构医疗服务、医疗质量评价和监督体系的有关工作;指导医疗机构药事及感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作;拟订公立医院运行监管制度，监督指导全省医疗机构评审评价工作。
(八)基层卫生处。
拟订农村卫生和社区卫生政策、规划、规范并组织实施;指导全省基层卫生服务体系建设和乡村医生管理工作，监督指导基层卫生政策的落实;承担新型农村合作医疗的综合管理工作。
(九)妇幼健康服务处(出生缺陷干预处)。
拟订妇幼卫生和计划生育技术服务政策、规划、技术标准和规范并组织实施;推进妇幼卫生和计划生育技术服务体系建设;承担妇幼卫生、出生缺陷防治、人类辅助生殖技术管理和计划生育技术服务工作;推动实施计划生育生殖健康促进计划;拟订卫生和计划生育技术服务、计划生育药具和节育技术推广使用的规章，依法规范指导计划生育药具管理工作。
(十)食品安全标准与监测评估处。
组织拟订食品安全标准，组织开展食品安全风险监测、评估和交流，承担新食品原料、食品添加剂新品种、食品相关产品新品种的安全性审查工作，参与拟订食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范。
(十一)综合监督处。
承担公共卫生、医疗卫生、计划生育综合监督工作;按照职责分工承担职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生和计划生育的监督管理工作，组织开展公共场所、饮用水安全、传染病防治监督检查，整顿和规范医疗服务市场，组织查处违法行为，督办重大违法案件，指导和规范综合监督执法行为。
(十二)药物政策与基本药物制度处。
组织实施基本药物制度，参与制定国家基本药物目录，组织拟订省级基本药物增补目录;会同有关部门拟订我省国家基本药物的采购、配送、使用的政策措施并组织实施;执行基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策，提出基本药物价格政策的建议，参与拟订药品法典。
(十三)艾滋病防治工作处。
拟订全省防治艾滋病的规划和措施;承担艾滋病防治项目的组织实施和管理工作;承办省防治艾滋病工作委员会的具体工作。
(十四)计划生育基层指导处。
指导和督促基层加强计划生育基础管理和服务工作，完善计划生育政策并组织实施，推进基层计划生育工作网络建设。
(十五)计划生育家庭发展处( 省出生人口性别比综合治理办公室)。
研究提出全省促进计划生育家庭发展的政策建议，建立和完善计划生育利益导向机制及特殊困难家庭扶助制度;拟订计划生育奖励扶助政策;拟订计划生育“三结合”工作规划并组织实施;承担出生人口性别比综合治理工作。
(十六)流动人口计划生育服务管理处。
拟订全省流动人口计划生育服务管理工作规划、政策，指导基层建立流动人口计划生育信息共享和公共服务工作机制。
(十七)计划生育目标管理处。
拟订计划生育工作年度责任目标;完善计划生育目标管理责任制并组织实施;指导实施计划生育“一票否决”制，协调落实和督查督办“一票否决”制。
(十八)宣传处。
拟订卫生和计划生育宣传、公众健康教育、健康促进的目标、规划、政策和规范，承担卫生和计划生育科学普及、新闻宣传和信息发布工作。
(十九)科技教育处。
拟订卫生和计划生育科技发展规划及相关政策，组织实施相关科研项目、新技术评估管理、科研基地建设，承担实验室生物安全监督工作;组织实施毕业后医学教育和继续医学教育，参与拟订医学教育发展规划，协同指导医学院校教育，开展住院医师规范化培训和专科医师培训。
(二十)对外合作处。
组织指导卫生和计划生育工作领域的国际交流合作与国际援助项目的实施;承担与港澳台的交流与合作工作;负责机关和直属单位因公出国(境)人员的初审、报批等外事工作。
(二十一)保健局(中共贵州省委保健委员会办公室)。
拟订全省干部医疗保健政策和工作规划并组织实施;承担省委保健委员会确定的保健对象医疗保健工作;承担党和国家领导人及重要外宾来黔的医疗保障工作;承担重要会议和大型重要活动的医疗卫生保障工作;承担省委保健委员会日常工作。
(二十二)省中医药管理局。
组织拟订中医药和民族医药发展规划;承担中医医疗机构的监督管理工作;贯彻执行中医医疗机构、人员、中医技术准入制度;指导高等中医药临床教学、中医药师承教育、继续教育和相关人才培训工作;组织协调中医药和民族医药基础研究及临床运用研究，指导中医药和民族医药技术开发及科技成果推广工作。设中医综合处、中医医政处(中西医结合和民族医药处)、中医科技教育处。
(二十三)财务处。
承担卫生和计划生育专项资金管理工作;承担机关及纳入机关统一财务管理单位的预决算、财务、资产管理和内部审计工作;提出医药服务和药品价格政策建议，指导和监督社会抚养费管理。
(二十四)人事处(人才处)。
拟订全省卫生和计划生育人才发展规划并组织实施;承担机关和所属单位机构编制、人事管理和队伍建设等工作;会同有关部门拟订各类卫生专业技术人员资格标准并组织实施;组织指导卫生和计划生育管理干部岗位培训工作;承担机关党建有关工作。
离退休干部处。负责机关离退休干部的管理和服务工作，指导所属单位的离退休干部工作。
纪检监察机构。省纪委派驻省卫生和计划生育委员会纪检组、省监察厅派驻省卫生和计划生育委员会监察室，行政编制6名。其中：纪检组长1名，纪检组副组长(监察室主任)1名，监察室副主任1名。
机关党组织按有关规定设置。
