根据国务院批准的《水利部职能配置、内设机构和人员编制规定》，国家防汛抗旱总指挥部办公室作为国家防汛抗旱总指挥部的办事机构，设在水利部。根据《水利部机关各司局职能配置、内设处室和人员编制规定》，国家防汛抗旱总指挥部办公室内设8个处，各处主要职责如下：
（一）综合处
1、协助办领导对各处工作进行综合协调，负责防办行政及日常事务，对防汛抗旱重大问题进行调研。
2、组织拟订防汛抗旱法律法规、规章制度并监督实施。
3、归口管理水库防洪综合业务工作。
4、负责综合性重要会议的组织筹备工作，组织防汛抗旱宣传，负责《中国防汛抗旱》杂志管理工作。
5、组织指导全国防汛抗旱现代化建设和各级防办能力建设，负责防汛抗旱专项培训工作。
6、承担水利部反恐办的日常工作，承办水利部扶贫领导小组、安全生产领导小组交办的有关工作。
7、承办办领导交办的其他事项。
（二）防汛一处
1、归口管理全国防汛和山洪灾害防御的综合业务工作，组织拟订有关防汛工作的规程规范、技术标准等并监督实施，参与全国和流域的防洪规划工作。
2、组织、指导、协调、监督长江流域（片）的防汛工作，负责长江流域（片）河道、湖泊、堤防、闸坝、蓄滞洪区、水库、城市等与防汛有关的工程措施和非工程措施的防洪管理。
3、组织编制长江防御洪水方案和长江及其重要大型水库的洪水调度方案，并监督实施；组织指导和监督长江流域（片）及其水利、水电工程的防洪调度。
4、掌握长江流域（片）的汛情、工情和灾情，提出防汛决策部署和调度意见，指导、监督长江流域（片）抗洪抢险和救灾工作。
5、承办国务院三峡库区地质灾害防治工作领导小组、三峡水库管理联系会议和水利部血防领导小组的有关工作。
6、承办办领导交办的其他事项。
（三）防汛二处
1、组织、指导、协调、监督黄河、太湖流域（片）的防汛工作，负责黄河、太湖流域（片）河道、湖泊、堤防、闸坝、蓄滞洪区、水库、城市防洪等与防汛有关的工程措施和非工程措施的防洪管理。
2、组织指导蓄滞洪区、洪泛区的洪水影响评价工作；归口管理全国江河湖泊清障和防御台风综合业务工作；参与黄河、太湖流域（片）防洪规划工作。
3、组织编制黄河、太湖防御洪水方案和黄河、太湖及其重要大型水库的洪水调度方案，并监督实施。
4、组织指导和监督黄河、太湖流域（片）及其水利、水电工程的防洪调度。
5、掌握黄河、太湖流域（片）的汛情、工情和灾情，提出防汛决策部署和调度意见，指导、监督黄河、太湖流域（片）抗洪抢险和救灾工作。
6、承办办领导交办的其他事项。
（四）防汛三处
1、组织、指导、协调、监督淮河、松花江、辽河流域（片）的防汛工作，负责淮河、松花江、辽河流域（片）河道、湖泊、堤防、闸坝、蓄滞洪区、水库、城市防洪等与防汛有关的工程措施和非工程措施的防洪管理。
2、归口管理全国蓄滞洪区安全建设管理和运用补偿等综合业务工作；参与淮河、松花江、辽河流域（片）防洪规划工作。
3、组织编制淮河、松花江、辽河防御洪水方案和淮河、松花江、辽河及其重要大型水库的洪水调度方案，并监督实施。
4、组织指导和监督淮河、松花江、辽河流域（片）及其水利、水电工程的防洪调度。
5、掌握淮河、松花江、辽河流域（片）的汛情、工情和灾情，提出防汛决策部署和调度意见，指导、监督淮河、松花江、辽河流域（片）抗洪抢险和救灾工作。
6、承办办领导交办的其他事项。
（五）防汛四处
1、归口管理城市防洪综合业务工作。
2、组织、指导、协调、监督海河、珠江流域（片）的防汛工作，负责海河、珠江流域（片）河道、湖泊、堤防、闸坝、蓄滞洪区、水库、城市防洪等与防汛有关的工程措施和非工程措施的防洪管理。
3、组织编制海河、珠江防御洪水方案和海河、珠江及其重要大型水库的洪水调度方案，并监督实施。
4、组织指导和监督海河、珠江流域（片）及其水利、水电工程的防洪调度。
5、掌握海河、珠江流域（片）的汛情、工情和灾情，提出防汛决策部署和调度意见，指导、监督海河、珠江流域（片）抗洪抢险和救灾工作。
6、参与海河、珠江流域（片）防洪规划工作；承办水利部援藏工作领导小组的有关工作。
7、承办办领导交办的其他事项。
（六）抗旱一处
1、组织、指导、协调、监督全国农村、农业抗旱工作，组织指导全国重点干旱地区抗旱预案的制定与实施。
2、组织拟订有关抗旱工作的规程规范、技术标准等并监督实施，组织有关抗旱规划工作。
3、组织指导全国干旱影响评价工作，归口管理全国抗旱综合业务工作。
4、掌握、分析全国旱情、灾情，提出抗旱决策部署和调度意见，指导、监督、落实抗旱救灾措施。
5、负责全国抗旱服务组织的行业管理。
6、承办办领导交办的其他事项。
（七）抗旱二处
1、组织、指导、协调、监督全国城市和生态抗旱工作，组织指导全国重点干旱缺水城市抗旱预案的制定与实施。
2、组织编制全国大江大河大湖及重要大型水库的抗旱水量应急调度方案并监督实施。
3、组织指导国家跨流域、跨省区的应急调水。
4、组织指导和监督全国江河湖泊和水利、水电工程的抗旱应急调度。
5、掌握、分析全国重点城市、重点生态干旱监测区旱情、灾情，提出抗旱决策部署和调度意见，指导、监督、落实城市和生态抗旱措施。
6、承办办领导交办的其他事项。
（八）减灾处
1、掌握、汇总、核实、分析全国水旱灾情，与有关防总成员单位会商分析水旱灾情，提出灾情发布意见。
2、负责管理中央特大防汛抗旱经费和中央水利防洪建设资金的综合业务工作，组织编制汛前应急资金计划。
3、组织指导全国防汛物资的储备与管理，负责中央防汛物资的管理。
4、负责防汛机动抢险队和防汛专用车的行业管理，负责防汛抗旱新技术、新材料的推广工作。
5、承担水利部抗震办的日常工作，承办中国减灾委、国家地震局联席会议的有关工作。
6、承办办领导交办的其他事项。
