什么是“鼠疫自然疫源地”？鼠疫学界将“鼠疫自然疫源地”看作陆生生态系统中的一个特殊的鼠疫生物群落：鼠及其他啮齿类动物是鼠疫菌的主要宿主；寄生性鼠疫菌是鼠疫自然疫源地形成的基本成员；为了能够顺利地侵入到寄主——啮齿动物的机体，媒介昆虫——跳蚤担负起这一职责；蚤也是寄生物，靠吸吮动物的血液生活和繁殖，它的生命离不开温血动物，适宜的温度对于鼠疫生态系统中的任何一个成员来说都是非常必要的。上述三个成员在它们相应的地区占据一定的地理范围，便构成了“鼠疫自然疫源地”[8] 。鼠疫自然疫源地的形成，是宿主、媒介、病原体经过长期的生物竞争，相互适应，通过自然选择而形成的一个牢固的统一体，并和当地的自然植被、气候和地理环境，构成了统一的相互依存的关系。 仍以云南为例，1772年的鼠疫流行就是从与剑川县相邻的鹤庆县爆发并向外扩散的；1984年野鼠鼠疫侵入家栖鼠的事例可能是历史的重演。然而，20世纪50年代以来，虽然还从祥云、弥渡、剑川、盈江等地还能检出疫鼠或染疫蚤，但在鹤庆县却无类似的报告。这样，云南的例子给我们两个启示：其一，历史时期的鼠疫疫源地与今日已有不同；其二，根据历史文献的记载可以复原历史时期的鼠疫疫源地。明确这两点，对于我们把握历史时期各区域鼠疫的发生与流行，将是有益的。
三 南方的鼠疫自然疫源地 6．福建 福建鼠疫专家认为近代福建鼠疫是外源性的。如胡济春在他的《家传医学要集》卷3中认为：“夫鼠疫之发疫，自古未闻，方书也未记载，此风系自外流滥中国”。现代医学专家们认为在《福建通志》上查不到1848年以前鼠疫发生的任何记录，故认为在近代以前的福建未有鼠疫之流行。 1949年以后福建鼠疫疫史调查组和鼠疫疫源调查组对疫区进行了反复调查,认为近代福建鼠疫是通过海路从香港传入的。伍连德曾提出传入的时间是1894年,而调查组却有证据证明在1884年就已经传入, 首次传入的地点是厦门伍村, 当时称为“香港症”。鼠疫首先在港口居民区中蔓延流行，然后通过海岸沿线、主要水系以及陆路交通逐渐从南到北，从沿海到内地，从城镇到农村，由点到面地向全省各地传播蔓延。 从1884年鼠疫流行开始到1952年鼠疫终止流行, 此起彼伏不断流行了68年次,当时福建区划68个县市, 而染疫县市达57个, 占全省县市数的84％。12118个村街染疫(29358疫村次), 发病825512人, 死亡712466人。