1.商业模式：京东是价值链整合模式，天猫是开放平台模式。
价值链整合模式指以产品流管理为战略核心，京东保证其平台上的商品是正品，对假货“零容忍”措施，同时，京东在价格保障、配送速度、售后服务上优势都比较明显，尤其是在高课单的3C类产品领域。而开放平台模式是以向买卖双方提供在线交易机会和条件为目标，以在线交易平台规模化收益管理为战略核心的在线零售业态，其特征可以概括为搭建平台、招商引资、扩大规模并形成商业壁垒。
2.盈利模式
再从盈利模式来看，除去广告和服务费，京东自营电商直接与厂商、供应商进行采买，签订直销合同，进入他们的仓库，自买自卖，赚取差价，以低价甚至牺牲毛利率的方式来获得大规模销量，从而获得利润和更为重要的现金流。
天猫本身并不参与商品的销售和服务，商品的销售、配送和售后服务均由卖家自己负责，从而大大降低了商城的配送和售后服务成本，再加上有同为阿里系的支付宝作为支付结算工具，天猫的盈利能力和对资金流的把控能力显然更为出色。
3.物流体系
物流体系在电商业务体系中占据非常重要的地位，从物流配送来看，京东和天猫采取完全不同的物流配送模式。
京东是完全自己建立仓储、物流配送系统，采取分布式库存管理，提前把各供应商库存汇集到各区域，订单产生后由京东自己的员工快速配送。
天猫完全依赖于第三方物流配送，采取集约式库存管理，订单产生后由快递完成各商家在各区域汇集，然后配送。前者模式较重，花费高但用户体验好，后者模式轻，花费低但用户体验无法掌控。针对各自的缺陷，京东采取了开放自建物流的方式来摊薄成本，阿里则通过菜鸟网络实现对第三方物流的资源整合，卖家使用菜鸟分布在全国各地的仓库，统一发货，统仓统配，节省了物流时间，提升了物流效率。
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