破界事变(第二次超级机器人大战Z:破界篇)终结以来一年……地球联邦的成立也已经经过了一个月。
随着GUNDAM和黑之骑士团等反联邦势力在压倒性的军事力量面前败北,世界总算维持住了表层上的平和。虽然由于不明的时空震动造成暗黑大陆被封锁,局部地区也仍残留着纷争,但人们已开始享受久违的和平。并没能注意到潜藏其中的人心,以及即将重演的悲剧……
在这期间,次元兽造成的损害再度增加。由于新帝国インペリウム被打倒而失去了控制的次元兽,再次被认作为灾害。随着损害的加深,人们开始雇佣来自民间企业的次元兽猎手,进行对应。
而现在,随着某一位次元兽猎手的来访,新的战斗再次揭开帷幕……
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