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基因组序列和cds序列的区别
从转录组测序结果中得到一
基因
预测的
CDS
,pcr后测序获得orf的后半段...
答:
你先设计一段前半段的引物看看到底有没有正确的那部分
序列
吧。。
怎么从
基因组
中把一类基因找出来
答:
如果找不到完全一致的引物,就在不一样的那个碱基上设计成简并的。如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的
序列
,在基因名称检索界面输入就好。因为提交NCBI上的
基因组
都有预测
CDS的
,上面都标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字如果不知道基因名字,可以通过做比对来判断,可以尝试一下用...
...缩写名如拟南芥的为At,在知道
基因
序号
和CDS序列
前提
答:
去ensemble直接选择拟南芥,然后搜索
基因序列号
就能出来对应的常用基因名。或者ncbi可以blast
cds序列
,找到对应的
基因组
位置,然后去ucsc genome browser,选择物种,输入基因组位置,就能看到对应的基因了,名字标在transcript前面
怎样找到菌的相似
序列
,怎样做细菌系统发育树?
答:
然后得到这些同源物的
序列
,做成FASTA格式的文件。一般通过NJ构建进化树,并且进行Bootstrap分析所得到的结果已足够。如果序列近缘,可以再使用MP构建进化树,进行比较。如果序列较远源,则可以做ML树比较。使用两种方法得到的树,如果
差别
不大,并且Bootstrap总体较高,则得到的进化树较为可靠。
基因
/蛋白家族分类。这方面...
GSDS
基因
结构图的绘制
答:
在数据输入方面,BED格式支持如geneID/transcriptID、起始和结束位置,以及可选的相位信息。GTF/GFF3格式则需提供geneID/transcriptID,其他字段则可根据需要自选。对于GenBank Accession Number/GI,GSDS能帮您提取和整合CDS信息,而FASTA则支持
CDS序列
输入,并
与基因组
进行精确映射,挖掘序列背后的生物学含义...
如何在
基因组
中搜索某一个基因
答:
一般提交NCBI上的
基因组
都有预测
CDS的
,所以上面都有标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字,如果你知道你要找的基因的名字应该是可以很快的找到你要的
序列
。如果没有,那你只能通过做比对来判断了。可以用BIOEDIT比对试试。
如何从人体
基因组
中扩增已知蛋白基因的3'UTR
答:
扩增UTR你直接到网上找该基因的mRNA,
CDS
后面的
序列
均为UTR,直接设计引物扩增即可。UTR不像编码序列,在
基因组
里面还有外显子和内含子之分。
如何从
基因组序列
中分析出一个mrna
序列的
5端和3端非编码区
答:
是起始和终止子以外的部分么? NCBI上面的给出的
序列和
选择
cds
后的序列对比一下。
在线引物设计primer-如何利用Primer6.0进行引物的设计?
答:
第七步:单击选择FASTA格式就会出现这个
基因的
CDS系列 2.2.开始设计引物 Primer3web官网: / 进入Primer3web官网后,执行以下操作: 第一步:下拉条目选择物种(HUMAN) 第二步:在输入框中输入刚刚复制来的
CDS序列
第三步:单击获取引物(PickPrimers) 第四步:引物序列输出;在最终结果中,有四对引物供选择。 选择合适的...
已知一个小鼠的
基因
完整
序列和CDS序列
,请问如何查找这个序列在水稻中的...
答:
序列
对比,你先确定所要比对的品种,找到相应的水稻CDNA文库,检索就可以了。
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