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当前搜索:
geo数据库查找某个基因
GEO数据库
有哪些分析工具?各有哪些用途?
答:
【答案】:
主要分析工具有:①Find genes工具:帮助快速寻找指定基因的功能;②Cluster heatmap工具:聚类图分析工具
;③Query Group A versus B工具:两个子集比较下的查询工具。④Experiment design and Value distribution:实验设计和数据分布查看工具,用户可大概了解一个数据集的数值分布状态。⑤GEOBLAST...
如何在
geo数据库找
想要的数据库
答:
另外一种就是通过NCBI主页的入口
基因搜索
下载。通常是不知道GEO编号,通过样品类型,实验处理,平台信息等搜索筛选想要的
GEO数据
:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进入NCBI主页,
搜索数据
选择GEO DataSets,如果
搜索某个基因
表达量可选择GEO Profiles。
geo数据库
差异
基因
怎么在EXCEL里操作
答:
geo数据库
筛选数据方法是:1、首先,打开NCBI,选择GEODatasets,输入GDS5656,点击Search。2、点击样品分类号,我们可以看到该研究的详情,包括文章研究内容、实验方案设计、样本详情等。3、点击AnalyzewithGEO2R,利用在线工具进行数据分析。将4个样本分成了两组,分组完毕后,点击saveallresults,获取两组之...
Geo数据库
有些数据只有id和log2fc如何处理?
答:
一种策略是,直接从
数据库
中筛选出那些满足阈值的
基因
。换句话说,你可以通过简单的逻辑操作,
找出
那些log2fc值大于等于预设阈值(比如1.5或2)的记录。这一步骤相当于在海量数据中精准地定位到可能的“热点”区域。然后,对于这些筛选出的基因,我们需要进行深入的解读和分析。利用ID关联到基因的完整信息...
geo
如何
查找某个基因
的表达
答:
1,foldchange的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2foldchange的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距。2,Q-value,是P-value校正值,P值是统计差异的显著性的。Q值比P值更严格的一种统计。
ncbi
geo数据库
怎么使用
答:
1. **登录与检索**:首先,登录NCBI网站并导航到
Geo
portal,输入
搜索
关键词以
查找
包含CDS数据的相关研究或样品。2. **理解数据结构**:CDS特征域通常在GenBank或RefSeq
数据库
中可用。了解这些数据库的组织方式,有助于你找到包含CDS信息的特定记录。3. **提取CDS数据**:从找到的记录中,提取CDS...
基因
芯片
数据
分析-1: 使用GEOquery 包从
GEO
获取数据
答:
GEO(The NCBI Gene Expression Omnibus)是NCBI专门储存高通量测序的库。如基于芯片数据(mRNA、DNA、蛋白丰度),蛋白质质谱数据和高通量测序数据。
GEO数据
主要有4种基本类型。Sample, Platform 和 Series是由作者上传的数据,dataset是由GEO官方从做和提交的数据整理出来的。1.1 Platforms GEO 号...
GEO数据
分析——KEGG
基因
通路富集
答:
深入探索:
GEO数据
分析中的KEGG
基因
通路富集 在生物信息学的探索之旅中,我们已经领略了GO
数据库
在基因通路富集分析中的独特魅力。今天,我们将携手KEGG,这个由日本京都大学Kanehisa实验室精心打造的生物信息宝库,进一步挖掘基因表达的秘密。首先,让我们深入了解KEGG。它不仅是基因和基因组的百科全书,更是一...
GEO数据库
为什么是RNA
答:
因为GEO是
基因
表达综合数据库,RNA是实现遗传信息在蛋白质中的表达。从
GEO数据库
获取GSE79973数据集,该数据集包含胃癌疾病与正常样本的表达谱数据,筛选出其中差异表达的lncRNA。下载GSE62254和GSE15459数据集以及对应的临床数据,通过GSE62254数据集来构建一个临床预测模型,识别出与预后显著相关的lncRNA,...
得到
GEO
中
某个基因
的在分组中的表达
数据
及logFC和P值
答:
1. 用BART分析,会得到特定
基因
在所有sample中的表达(以行的形式展示,通过excel可以转换为列)2.
GEO
2R分组分析可以得到所有基因的logFC及P值,3. 通过GraphPad可以自定义画图。
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