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基因组序列分析
基因组信息学的全
基因组分析
答:
基因组全
序列分析
的第一步工作之一就是寻找
基因组序列
中的可翻译部分,即开放阅读框(ORF)。现有的方法之一是利用DNA序列上的转录和调节信号作为开放阅读框的识别标记。另一种方法是寻找与已表达序列标志(EST)具有相似性的核苷酸片段。对于真核生物的基因组,为了正确区分外显子和内含子,需与已有的cDNA序...
基因组序列分析
中,序列一致性指的是什么?
答:
基因组序列分析
中,序列一致性指的是什么?何谓序列一致性(Sequence identity)?我想大家或多或少应该知道,它指的是两个不同序列之间的相似程度,这是对序列比对结果的一个描述,也常常被用于基因组之间的比较。测序read比对于参考基因组的时候,这个一致性也可以用来反映测序错误率的大小。不过,不知道...
如何从
基因组
的DNA
序列
中去鉴别基因
答:
1、把EST用BLAT比对到
基因组序列
上,挑最好的match。2、下载同版本的基因组注释文件。3、 比较1和2中的基因组位置关系,并找出来未被基因组注释的EST。这时候应该还剩下上千条,其中绝大部分都是蛋白编码基因的反义RNA,当然一小部分是基因间区的非编码RNA。4.、将affimetrix的probe sequence用blast...
全
基因组
测序
分析
答:
全基因组测序(WGS),其全称揭示了它对生物学研究的无与伦比贡献。它是一个革命性的技术,旨在揭示每个生物体细胞内完整
基因组序列
的每一个细节,从首字母到尾字母,确保每一个突变的细节都不被遗漏。尤其在没有参考基因组或质量有限的情况下,这种从头测序与组装技术发挥着关键作用。对于新基因组的测...
什么是
基因
表达的系列
分析
?
答:
SAGE的主要依据有两个。第一,一个9~10碱基的短核苷酸
序列
标签包含有足够的信息,能够唯一确认一种转录物。例如,一个9碱基顺序能够分辨262144个不同的转录物(49),而人类
基因组
估计仅能编码80000种转录物,所以理论上每一个9碱基标签能够代表一种转录物的特征序列。第二,如果能将9碱基的标签集中于...
同一毒株不同
基因序列分析
的区别
答:
对于同一毒株不同基因
序列分析
,我们需要对其
基因组
的变异等变化进行深入研究。基因组变异范围广泛,种类繁多,涉及到基因的插入、缺失、倒置等多种类型,因此,需要从不同角度入手,开展系统的基因变异分析工作。其主要区别在于,同一病原体的不同
基因序列
,可能会导致病原体发生不同基因组变异,这对病原体...
全
基因组
测序数据
分析
--导
答:
1、原始读数的质量控制 2、原始读取的预处理 3、预处理后读数映射到参考
基因组
4、映射后处理 5、映射读取的质量控制 6、变体调用 7、变体注释 8、变体过滤和优先级排序 原始测序数据中未识别的碱基、低质量的
序列
和污染物(如接头)会影响下游
分析
,从而导致错误的结果和结论。
基因组序列
比对算法介绍(一)
答:
基因组重测序中
序列
比对介绍 重测序基因组数据比对,是指将测序仪下机fastq数据(NGS read序列,通常100-150bp),与人类参考基因组(reference)进行匹配,允许错配(mismatch),插入缺失(indel),目的是在参考基因组找到序列最相似的位置,通常是
基因组分析
(包括 variation calling,ChIP-seq,RNA-seq...
简述生物信息学在
基因组
学中的应用
答:
生物信息学在
基因组
学中的应用,是利用生物信息学的理论和技术,对基因组数据进行深入解析、整理和注释,从而帮助科学家更全面地理解基因的结构、功能和表达调控。1、基因
序列分析
序列比对,生物信息学通过对比不同物种或个体的
基因序列
,揭示序列间的相似性和差异性,为物种分类、进化研究提供依据。结构...
基因组序列
测定的原理
答:
Sanger法测序 原理:利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定
序列
模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸...
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