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基因组大小用什么值衡量
基因组
- genome survey(1)
答:
基因组大小一般用重量衡量
,用 pg(皮克)作为常用单位。有时候也用道耳顿(KD)、核苷酸碱基对的数量(Mb)等方式表示。pg 与常用单位 Mb 之间可以 转换,1pg 约等于 978Mb(这个数值估计随着较好参考基因组的出现,会有变化,如果粗粗估计,倒也无妨)。 (2) DNA-C 值的含义 DNA-C:...
生物里的c值、k值、n值都是
什么
?如何反常?
答:
基因组大小
也称为C值,是指生物体的单倍体基因组所含DNA总量。
在哪里查
基因组
的
大小
答:
基因组大小(size of
genome)是指单倍体细胞核中的所含的DNA的总量
。在可以进行基因组测序之前,生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。通常使用的单位为pg(10e-12),这个值简称为C-value。通过简单的换算就可以知道大概的碱基的数量。不过,对于已经测序的基因组,直接数数就可以了,...
原核生物构成
基因
的碱基总数小于DNA的碱基总数吗?
答:
。
一般用 碱基对 的数目来表示基因组的大小
,真核生物 基因组的 大小比 原核生物 高得多。但对于真核生物而言,C值 的大小和 生物的进化 程度之间不呈 正相关 ,参见 c值悖论 。目前为止发现的最小的基因组是支原体的基因组,仅580kb,含约482个基因。
人体
基因组
的
大小
约为
多大
?
答:
得出了30亿碱基对的估计。他的计算基于一个单倍体
基因组
的重量约为3x10-12克,考虑到每对核苷酸的质量为1.026x10-21克,这个估算结果与现代测序技术的发现惊人地吻合。总的来说,人体基因组的
大小
是由科学家们通过精密的实验和数学推理得出的,这个数值在生物学和遗传学研究中起着至关重要的作用。
GenomeScope 2.0 评估
基因组大小
、杂合度和重复序列
答:
kcov指的是杂合峰的覆盖度。可以看到
使用
数据预测K-mer最低深度峰在18.4X处。 一般情况下杂合度大于1%就会存在一个高于主峰的杂合峰。
基因组
越大,杂合度也大,重复片段越大,该物种的组装难度就越大。讨论: 基因组预测
大小
和参数 Max kmer coverage 密切相关。GenomeScope默认会过滤掉出现10,000...
已测序
基因组
的杂合度,重复序列水平怎么查询
答:
基因组大小
(size of genome)是指单倍体细胞核中的所含的DNA的总量.在可以进行基因组测序之前,生物学家是用质量来
衡量
不同生物之间基因组的大小.通常
使用
的单位为pg(10e-12),这个值简称为C-value.通过简单的换算就可以知道大概的碱基的数量.不过,对于已经测序的基因组,直接数数就可以了,如 vi...
c值悖论是怎么回事?
答:
一个
基因组
中的DNA含量用C值表示,C值的
大小
并不能完全说明生物进化的程度和遗传复杂性的高低真核生物基因组中存在大量的不编码基因产物的DNA序列,一般而言,越是简单的生物基因组不编码蛋白质的。DNA序列越少,它们的结构基因的数目月接近DNA含量所估计的基因数也就是说,我们在计算C值时是根据所有的...
基因组
-genome survey(2)
答:
(2)K-mer估计
基因组大小
(K-mer有效深度大于20且K-mer种类数要大于基因组) 在数据量一定的情况下,K-mer出现的频数是服从泊松分布(偏态分布,可以理解为最优解,想想卖馒头的例子)的,K-mer频率分布曲线的峰值作为其期望测序深度。 基因组大小计算:G=Knum/Kdepth (1) 基因组的杂合...
C值和
基因组
有
什么
区别,什么是C指矛盾?
答:
以碱基对数(bp)作为单位。与
基因组
的区别么,就是基因组是一个集合,C值是这个集合中所有元素的一个性质。比如,基因组好比一堆苹果,这堆苹果的集合叫做一个“基因组”;而这些苹果的质量和就好比“C值”。C值矛盾就是,并非进化程度越高的物种,其C值越高;C值
大小
和进化程度高低并无关系。
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